Die Carl-Isler-Stiftung wird durch Steuervergünstigungen staatlicherseits unterstützt. Da sie ausschließlich gemeinnützige und kirchliche Zwecke verfolgt, sind Zuwendungen an sie von der Schenkungs- und Erbschaftssteuer befreit.  

Spenden an die Carl-Isler-Stiftung senken unmittelbar das zu versteuernde Einkommen von Privatpersonen zusammen mit anderen Spenden um bis zu 20 Prozent (für Unternehmen um bis zu 4 Promille der Summe der Umsätze sowie Lohn- und Gehaltskosten des Kalenderjahres). Spenden, die diesen Betrag übersteigen, können in das nächste Jahr vorgetragen werden und mindern dann das Einkommen. Weitere Zuwendungen an Stiftungen von bis zu 1 Million Euro einmal in 10 Jahren können zusätzlich zu den Höchstbetragsgrenzen für Spenden geltend gemacht werden.

Wer ererbtes oder geschenktes Vermögen innerhalb von 24 Monaten nach der Steuerveranlagung stiftet, erhält als Erbe die gezahlte Erbschaft- bzw. Schenkungsteuer vom Finanzamt zurück.